Manual de usuario de Parthenon
Bienvenido a Parthenon, una plataforma unificada de investigación de desenlaces de nueva generación construida sobre el OMOP Common Data Model v5.4. Parthenon reemplaza el OHDSI Atlas heredado con una interfaz moderna, rápida y extensible, manteniendo compatibilidad completa con la cadena analítica de OHDSI, incluidos HADES, CohortGenerator y Circe.
¿Qué es Parthenon?
Parthenon proporciona una única interfaz basada en navegador para todo el ciclo de vida de investigación con evidencia del mundo real (RWE). A partir de la exploración de vocabulario y la construcción de conjuntos de conceptos, los investigadores crean cohortes de pacientes con un constructor visual y luego ejecutan un espectro completo de análisis: caracterización, tasas de incidencia, rutas de tratamiento, estimación a nivel poblacional, predicción a nivel de paciente, series de casos autocontroladas y síntesis de evidencia, todo sin salir de la plataforma.
Además de la analítica OHDSI tradicional, Parthenon se extiende a dominios que Atlas nunca cubrió:
- Genómica: cargue archivos VCF, anote variantes contra ClinVar, explore mutaciones en un navegador interactivo de variantes y convoque tumor boards virtuales con interpretación asistida por IA.
- Imágenes médicas: vea estudios DICOM con un visor Cornerstone3D integrado, conéctese a sistemas PACS mediante WADO-RS e incorpore criterios de imágenes en definiciones de cohortes.
- Economía de la salud e investigación de desenlaces (HEOR): modele costo-efectividad, identifique brechas de atención en poblaciones y ejecute analítica económica a nivel poblacional.
- Integración FHIR R4: conéctese a sistemas EHR mediante SMART Backend Services para exportación masiva automatizada y sincronización incremental de datos clínicos hacia su OMOP CDM.
- Análisis asistido por IA: un servicio de IA integrado, impulsado por Ollama y MedGemma, proporciona búsqueda semántica de conceptos, sugerencias de cohortes en lenguaje natural, interpretación de resultados clínicos y resumen de variantes genómicas.
Parthenon expone una REST API compatible con OHDSI WebAPI, por lo que las herramientas existentes, bibliotecas de fenotipos y paquetes de estudio siguen funcionando sin modificaciones.
Estructura del manual
| Parte | Capítulos | Tema |
|---|---|---|
| I — Primeros pasos | 1--2 | Introducción a la plataforma, arquitectura, fuentes de datos |
| II — Vocabulario | 3--4 | Navegador de vocabulario, conjuntos de conceptos |
| III — Cohortes | 5--8 | Expresiones de cohorte, construcción, generación y gestión |
| IV — Análisis | 9--14 | Los siete tipos de análisis y paquetes de estudio |
| V — Ingesta de datos | 15--17 | Carga de datos, mapeo de esquemas, mapeo de conceptos |
| VI — Explorador de datos | 18--20 | Caracterización Achilles, calidad de datos, estadísticas poblacionales |
| VII — Perfiles de pacientes | 21 | Líneas de tiempo individuales de pacientes |
| VIII — Administración | 22--26 | Usuarios, roles, proveedores de autenticación, configuración del sistema, auditoría |
| Guía de migración | -- | Migración de Atlas a Parthenon |
| Apéndices | A--G | Material de referencia |
Arquitectura de la plataforma
Parthenon es una aplicación contenedorizada de múltiples servicios, orquestada con Docker Compose. Cada servicio tiene un propósito específico y puede escalarse de forma independiente.
Resumen de servicios
| Servicio | Tecnología | Propósito |
|---|---|---|
| Frontend | React 19, TypeScript, Vite 7, TailwindCSS v4 | Aplicación de una sola página con tema oscuro carmesí y dorado |
| Backend API | Laravel 11, PHP 8.4, Sanctum | RESTful API, autenticación, autorización, despacho de trabajos |
| Worker de cola | Laravel Horizon, Redis 7 | Trabajos en segundo plano: generación de cohortes, Achilles, importación masiva |
| Servicio de IA | Python FastAPI, Ollama, MedGemma | Búsqueda semántica, sugerencias NLP de cohortes, interpretación de variantes |
| Runtime R | R Plumber, paquetes HADES | Análisis estadísticos mediante JDBC hacia OMOP CDM |
| Base de datos (App) | PostgreSQL 16 | Metadatos de aplicación: usuarios, fuentes, definiciones de cohortes |
| Base de datos (CDM) | PostgreSQL 17 | Datos clínicos OMOP CDM, vocabularios, resultados Achilles |
| Caché | Redis 7 | Almacenamiento de sesión, caché de consultas, broker de colas |
Módulos de la plataforma
Parthenon organiza la funcionalidad en los siguientes módulos:
Investigación clínica
- Fuentes de datos: configure conexiones a una o más bases de datos OMOP CDM con daimons por esquema.
- Vocabulario: busque más de 7.2M conceptos OMOP con búsqueda de texto y búsqueda semántica impulsada por IA; compare conceptos lado a lado.
- Conjuntos de conceptos: cree listas reutilizables de conceptos con indicadores de descendientes, mapeados y exclusión.
- Constructor de cohortes: defina cohortes visualmente con criterios de inclusión, eventos de censura y lógica temporal.
- Análisis: siete tipos de análisis: caracterización, tasas de incidencia, rutas de tratamiento, estimación a nivel poblacional (PLE), predicción a nivel de paciente (PLP), series de casos autocontroladas (SCCS) y síntesis de evidencia.
- Estudios: empaquete múltiples análisis en definiciones de estudio reproducibles para ejecución en múltiples sitios.
- Perfiles de pacientes: profundice en líneas de tiempo individuales de pacientes con visualización de eventos por dominio.
Gestión de datos
- Explorador de datos: tableros de caracterización basados en Achilles, verificaciones de calidad de datos (DQD) y estadísticas poblacionales.
- Ingesta de datos: cargue archivos CSV/TSV, mapee esquemas a tablas OMOP CDM y mapee códigos fuente a conceptos estándar.
- Gestión de vocabulario: cargue paquetes ZIP de vocabulario Athena para actualizar tablas de conceptos (administración).
Módulos avanzados
- Genómica: cargue archivos VCF, anote contra ClinVar, explore variantes con un navegador interactivo y ejecute tumor boards virtuales con interpretación asistida por IA.
- Imágenes: vea estudios DICOM en línea con Cornerstone3D, conéctese a PACS mediante WADO-RS/DICOMweb y use criterios de imágenes en definiciones de cohortes.
- HEOR: modelado de economía de la salud, análisis de costo-efectividad, identificación de brechas de atención y analítica económica a nivel poblacional.
Integración y administración
- FHIR R4: SMART Backend Services para exportación masiva automatizada y sincronización incremental desde sistemas EHR.
- Trabajos: monitoree tareas en segundo plano: generación de cohortes, ejecuciones Achilles, importaciones masivas y sincronizaciones FHIR.
- Administración: gestión de usuarios, asignación de roles y permisos, proveedores de autenticación (SAML 2.0, OIDC), configuración de proveedores de IA, monitoreo de salud del sistema, gestión de conexiones FHIR y panel de sincronización.
Flujo de investigación
El flujo típico de investigación en Parthenon sigue un pipeline estructurado desde la exploración de vocabulario hasta resultados publicables:
Si es nuevo en el OMOP Common Data Model, comience con el capítulo Navegador de vocabulario para entender cómo se organizan los conceptos clínicos. El vocabulario es la base de cada definición de cohorte y análisis en Parthenon.