Introducción a Parthenon

Parthenon es una plataforma unificada de investigación de desenlaces que moderniza y amplía el flujo analítico de OHDSI. Proporciona una aplicación de una sola página basada en React y respaldada por una REST API de Laravel, conectándose a una o más bases de datos OMOP CDM v5.4 para habilitar todo el espectro de investigación con evidencia del mundo real (RWE): desde la exploración de vocabulario y la construcción de cohortes hasta análisis estadísticos avanzados, genómica, imágenes y economía de la salud, todo sin salir del navegador.

¿Por qué Parthenon?

El OHDSI Atlas heredado está construido sobre Knockout.js (alrededor de 2013) y requiere un backend WebAPI basado en Java con dependencias de despliegue complejas, incluidas migraciones Flyway, Tomcat y configuración manual de CDM. Parthenon reemplaza toda esta pila por una arquitectura moderna y contenedorizada, manteniendo compatibilidad completa hacia atrás con el ecosistema OHDSI.

Ventajas clave frente a Atlas

Área	Atlas	Parthenon
Frontend	Knockout.js, jQuery	React 19 + TypeScript, TailwindCSS v4
Backend	Java Spring Boot, WebAPI	Laravel 11 (PHP 8.4), autenticación Sanctum
Autenticación	Solo BasicAuth o AD	Sesiones Sanctum, SAML 2.0, OIDC, SSO
Autorización	Modelo plano de permisos	RBAC jerárquico (Spatie) con 4 roles
Integración de IA	Ninguna	Búsqueda semántica MedGemma, sugerencias NLP de cohortes
Genómica	Ninguna	Carga VCF, anotación ClinVar, navegador de variantes, tumor boards
Imágenes	Ninguna	Visor DICOM (Cornerstone3D), WADO-RS/DICOMweb
HEOR	Ninguna	Modelado de costo-efectividad, brechas de atención, economía poblacional
Integración EHR	Ninguna	Exportación masiva FHIR R4, SMART Backend Services
Despliegue	WAR/JAR manual	Docker Compose (un solo comando)
Tipos de análisis	5	7 (agrega SCCS y Evidence Synthesis)
Compatibilidad WebAPI	N/A	Completa: HADES, exportaciones Atlas y bibliotecas de fenotipos funcionan

Resumen de arquitectura

Parthenon se ejecuta como un conjunto de contenedores Docker orquestados por Docker Compose. Cada servicio tiene una responsabilidad claramente definida:

Frontend — React 19 + TypeScript

El frontend es una aplicación de una sola página construida con React 19, TypeScript y Vite 7. Usa TailwindCSS v4 para estilos con un tema oscuro carmesí y dorado, Zustand para gestión de estado y TanStack Query para sincronización de estado del servidor. La interfaz es totalmente responsive y está diseñada para estaciones de trabajo de investigación de pantalla grande y monitores estándar.

Backend API — Laravel 11

La REST API está construida sobre Laravel 11 (PHP 8.4) y maneja autenticación, autorización, operaciones CRUD, despacho de trabajos y orquestación de servicios descendentes. Usa Laravel Sanctum para autenticación SPA con estado y protección CSRF. Las consultas contra OMOP CDM usan clases de modelo dedicadas de solo lectura para prevenir escrituras accidentales en datos clínicos.

Workers de cola — Laravel Horizon

Las operaciones de larga duración, como generación de cohortes, análisis Achilles, importaciones masivas FHIR y anotación VCF, se despachan como trabajos en segundo plano procesados por workers Laravel Horizon respaldados por Redis. El estado de los trabajos se rastrea en el módulo Trabajos y aparece en la UI con indicadores de progreso en tiempo real.

Servicio de IA — Python FastAPI

Un microservicio Python FastAPI se conecta a una instancia local de Ollama que ejecuta el modelo MedGemma, o a otros proveedores configurables. Impulsa:

• Búsqueda semántica de conceptos: encuentre conceptos por significado clínico, no solo por coincidencia de palabras clave.
• Sugerencias de cohortes en lenguaje natural: describa una población de pacientes en inglés y reciba criterios estructurados.
• Interpretación de resultados: resúmenes generados por IA de salidas de caracterización y análisis.
• Anotación de variantes genómicas: resumen de significancia clínica para variantes identificadas.

Configuración de proveedores de IA

Los administradores pueden configurar hasta 8 proveedores de IA (Ollama, OpenAI, Anthropic, Google, Azure y otros) desde el panel Admin > AI Providers. Solo un proveedor está activo a la vez. Ollama con MedGemma es el valor predeterminado para despliegues locales sin datos saliendo de la red.

Runtime R — API Plumber

Un servicio R Plumber envuelve paquetes OHDSI HADES (CohortGenerator, FeatureExtraction, CohortMethod, PatientLevelPrediction, SelfControlledCaseSeries, EvidenceSynthesis) y se conecta al OMOP CDM mediante JDBC. El backend Laravel despacha trabajos de análisis a este servicio cuando se requieren métodos estadísticos basados en R.

Bases de datos

Parthenon usa dos bases de datos PostgreSQL separadas:

• App DB (PostgreSQL 16): almacena metadatos de aplicación: usuarios, roles, sesiones, configuraciones de fuentes, definiciones de cohortes, conjuntos de conceptos, ajustes de análisis y registros de trabajos. Esta base se gestiona mediante migraciones Laravel.
• CDM DB (PostgreSQL 17): contiene los datos clínicos OMOP CDM, tablas de vocabulario y resultados Achilles. Desde la perspectiva de Parthenon, esta base es de solo lectura, excepto en esquemas de resultados donde se escriben tablas de cohortes y salidas Achilles.

Dos bases de datos, no una

Un malentendido común es que Parthenon almacena todo en una sola base de datos. La base de aplicación y la base CDM son instancias PostgreSQL separadas. Reiniciar la base de aplicación, por ejemplo con migrate:fresh, no afecta los datos clínicos, pero sí destruye configuraciones de fuentes, definiciones de cohortes y cuentas de usuario. Haga siempre una copia de seguridad antes de reiniciar.

Autenticación

Parthenon admite múltiples mecanismos de autenticación:

Autenticación por sesión Sanctum (predeterminada)

La autenticación integrada usa Laravel Sanctum con sesiones basadas en cookies y protección CSRF. Los usuarios se registran con una dirección de correo electrónico y reciben una contraseña temporal que deben cambiar en el primer inicio de sesión.

SAML 2.0

Para inicio de sesión único empresarial, Parthenon admite proveedores de identidad SAML 2.0 (Azure AD, Okta, OneLogin, ADFS, etc.). Configure la URL de metadatos de su IdP y los mapeos de atributos en Admin > Authentication Providers.

OpenID Connect (OIDC)

Los proveedores OIDC (Keycloak, Auth0, Google Workspace, etc.) pueden configurarse para autenticación federada. Parthenon maneja el flujo de código de autorización y mapea claims OIDC a roles locales de usuario.

Primer inicio de sesión

Cuando se crea una nueva cuenta de usuario, ya sea por un administrador o mediante autorregistro, se envía una contraseña temporal al usuario por correo electrónico. En el primer inicio de sesión, un modal bloqueante exige establecer una nueva contraseña antes de acceder a cualquier función de la plataforma.

Roles y permisos de usuario

Parthenon usa un sistema jerárquico de control de acceso basado en roles, impulsado por Spatie Laravel Permission. Cuatro roles integrados proporcionan acceso progresivamente más amplio:

Rol	Descripción	Capacidades clave
super-admin	Control total de la plataforma	Todos los permisos, configuración del sistema, ajustes de proveedores de IA, gestión de proveedores de autenticación, cargas de vocabulario
admin	Gestión organizacional	Gestión de usuarios, configuración de fuentes de datos, asignación de roles, configuración de conexiones FHIR
researcher	Investigación clínica	Crear/editar cohortes, conjuntos de conceptos y análisis; ejecutar análisis; acceder a perfiles de pacientes; cargar archivos VCF/DICOM
viewer	Acceso de solo lectura	Explorar vocabularios, ver definiciones y resultados de cohortes, exportar datos; no puede crear ni modificar

Su rol actual se muestra en el menú de usuario, en la esquina superior derecha. Contacte a su administrador para solicitar acceso elevado.

Granularidad de permisos

Además de roles, pueden asignarse permisos individuales para control detallado:

• view patients: requerido para acceder a Perfiles de pacientes (sensible a PHI).
• manage sources: requerido para agregar, editar o eliminar configuraciones de fuentes de datos.
• manage users: requerido para crear cuentas y asignar roles.
• run analyses: requerido para ejecutar análisis, no solo verlos.
• upload genomics: requerido para cargar archivos VCF.
• view imaging: requerido para acceder al visor DICOM.

Requisitos del sistema

Para usuarios finales

• Un navegador moderno: Chrome 120+, Firefox 120+, Safari 17+ o Edge 120+.
• Acceso de red a la URL del servidor Parthenon.
• Una cuenta de usuario con un rol apropiado.

Para administradores

• Docker Engine 24+ y Docker Compose v2.
• Al menos 8 GB de RAM para la pila completa de servicios (16 GB recomendado).
• PostgreSQL 16+ para la base de datos de aplicación.
• PostgreSQL con tablas OMOP CDM v5.4 pobladas, o el conjunto de demostración Eunomia incluido.
• Opcional: Ollama con MedGemma para funciones de IA; servidor PACS para imágenes; EHR habilitado para FHIR para integración.

Inicio de sesión

1. Navegue a la URL de Parthenon proporcionada por su administrador, por ejemplo https://parthenon.yourorg.net.
2. Ingrese su dirección de correo electrónico y contraseña.
3. Haga clic en Sign In.
4. En el primer inicio de sesión, se le pedirá cambiar la contraseña temporal mediante un modal bloqueante.

Configuración inicial para super-admins

Después del despliegue inicial, el primer usuario super-admin se crea mediante el instalador o con php artisan admin:seed. En el primer inicio de sesión, la plataforma presenta un Setup Wizard: una configuración guiada de seis pasos que cubre verificación de salud del sistema, configuración de proveedor de IA, configuración de autenticación y registro de fuentes de datos. Los usuarios regulares ven un recorrido de incorporación más simple.

Navegación principal

La barra de navegación superior proporciona acceso a todos los módulos de la plataforma. Los elementos disponibles dependen de su rol y permisos.

Elemento de menú	Módulo	Rol requerido
Data Sources	Explorar y configurar conexiones OMOP CDM	viewer+
Vocabulary	Buscar conceptos, crear conjuntos de conceptos	viewer+
Cohorts	Definir, generar y gestionar cohortes de pacientes	researcher+
Analyses	Ejecutar los siete tipos de análisis	researcher+
Studies	Empaquetar análisis en definiciones de estudio reproducibles	researcher+
Data Explorer	Tableros Achilles, calidad de datos, estadísticas poblacionales	viewer+
Patients	Líneas de tiempo individuales de pacientes	researcher+ con view patients
Data Ingestion	Cargar y mapear datos fuente a OMOP CDM	admin+
Genomics	Carga VCF, navegador de variantes, tumor boards	researcher+ con upload genomics
Imaging	Visor DICOM, conexiones PACS	researcher+ con view imaging
HEOR	Economía de la salud, brechas de atención, analítica poblacional	researcher+
Jobs	Monitorear tareas en segundo plano	viewer+
Admin	Usuarios, roles, autenticación, IA, salud del sistema, vocabulario, FHIR, sincronización	admin+

Conjunto completo de funciones

Vocabulario y gestión de conceptos

• Búsqueda de texto completo y semántica impulsada por IA en más de 7.2M conceptos OMOP.
• Vista de detalle de concepto con navegación jerárquica (ancestros, descendientes, relaciones).
• Herramienta de comparación de conceptos lado a lado.
• Conjuntos de conceptos reutilizables con indicadores de descendientes, mapeados y exclusión.
• Importación/exportación JSON compatible con OHDSI para conjuntos de conceptos.
• Gestión administrativa de vocabulario: carga de paquetes ZIP Athena para actualizar tablas de conceptos.

Construcción y gestión de cohortes

• Constructor visual de expresiones de cohorte con criterios de inclusión/exclusión.
• Lógica temporal: eventos con ventanas de tiempo y criterios secuenciales.
• Grupos de criterios anidados con lógica AND/OR.
• Integración de conjuntos de conceptos con vista previa de resolución en vivo.
• Generación de cohortes contra cualquier fuente de datos configurada.
• Historial de generación con conteos de registros y tiempos de ejecución.
• Comparación de cohortes y análisis de superposición.
• Importación/exportación de definiciones de cohortes como JSON compatible con OHDSI.

Análisis (7 tipos)

• Caracterización: extracción de características basales para una o más cohortes.
• Tasas de incidencia: calcular incidencia de desenlaces en poblaciones objetivo.
• Rutas de tratamiento: visualizar secuencias de tratamientos (diagramas sunburst).
• Estimación a nivel poblacional (PLE): inferencia causal usando puntuaciones de propensión.
• Predicción a nivel de paciente (PLP): construir y validar modelos predictivos.
• Serie de casos autocontrolada (SCCS): diseños de estudio dentro de la persona.
• Síntesis de evidencia: metaanálisis entre múltiples bases de datos o análisis.

Explorador de datos

• Caracterización CDM basada en Achilles: demografía, condiciones, medicamentos, mediciones.
• Data Quality Dashboard (DQD) con verificaciones heel e indicadores de calidad por dominio.
• Estadísticas poblacionales con visualización de tendencias.
• Comparación multi-fuente con selector desplegable de fuentes.

Genómica

• Carga de archivos VCF con análisis y almacenamiento automáticos.
• Anotación ClinVar para evaluación de significancia clínica.
• Navegador interactivo de variantes con filtros por gen, consecuencia y significancia.
• Interfaz de tumor board virtual con interpretación de variantes asistida por IA.
• Integración de criterios genómicos en definiciones de cohortes.

Imágenes médicas

• Visor DICOM integrado impulsado por Cornerstone3D.
• Conectividad PACS mediante WADO-RS / DICOMweb.
• Exploración de estudios y series con visualización de metadatos.
• Criterios de imágenes disponibles en el constructor de cohortes.

Economía de la salud e investigación de desenlaces (HEOR)

• Modelado y análisis de costo-efectividad.
• Identificación de brechas de atención en poblaciones de pacientes.
• Analítica económica a nivel poblacional con métricas configurables.
• Integración con análisis basados en cohortes para evaluación económica dirigida.

Integración EHR

• Conectividad FHIR R4 mediante SMART Backend Services.
• Exportación masiva de datos desde sistemas EHR habilitados para FHIR.
• Sincronización incremental para mantener actualizados los datos CDM.
• Gestión de conexiones y panel de sincronización en Administración.

Administración

• Gestión de usuarios: crear, editar y desactivar cuentas.
• Asignación de roles y permisos con RBAC jerárquico.
• Configuración de proveedores de autenticación (local, SAML 2.0, OIDC).
• Configuración de proveedores de IA (8 proveedores admitidos, credenciales cifradas).
• Dashboard de salud del sistema con monitoreo de todos los servicios y actualización automática.
• Gestión de vocabulario: carga de paquetes Athena.
• Gestión de conexiones FHIR y panel de sincronización.
• Registro de auditoría de acciones relevantes para seguridad.

Obtener ayuda

• Ayuda en la aplicación: haga clic en el icono de ayuda en la navegación superior para documentación contextual y recorridos guiados.
• Manual de usuario: lo está leyendo. Use la barra lateral para navegar a capítulos específicos.
• Referencia de API: disponible en /docs/api con documentación completa de endpoints generada desde el código.
• Atajos de teclado: consulte el Apéndice A para la lista completa.
• Solución de problemas: consulte el Apéndice G para problemas comunes y soluciones.

Siguientes pasos

Ahora que entiende la arquitectura y capacidades de la plataforma, continúe con el Capítulo 2: Fuentes de datos para aprender a configurar conexiones a sus bases de datos OMOP CDM, la base de todas las actividades de investigación en Parthenon.